在论文查重时，参考文献部分是否需要包含在内，取决于具体的查重系统和学校要求。
一般来说，正式的权威查重系统不包括参考文献，在查重范围内，但是只要是格式正确的参考文献，就可以识别出来，如果是格式错误的参考文献，就会作为正文进行查重检测。因此，查重时需要确保参考文献的格式正确。
此外，如果论文中引用了他人的原文，并在查重时标注为引用文献，格式必须正确才能被查重系统认为是抄袭。如果未标注，查重系统将检测到引用文献，并将其作为正文进行查重检测。如果出现了“标红”现象，可能是因为引用的参考文献格式不规范，导致查重系统无法识别。
因此，在论文写作过程中，应该仔细阅读学校的查重要求，了解是否需要将参考文献放入查重范围内。如果学校要求只检测正文，那么学生在查重时需要自行删除其他部分，只留正文部分进行检测。同时，在写论文时引用文献内容时，需要合理引用文献，避免过度引用或未经标注的引用，以降低论文的重复率。
除了上述提到的内容外，在论文查重时还需要注意以下几点：
- 不同的查重系统可能对参考文献的识别方式不同，有些系统能够自动识别参考文献，有些则需要手动添加。因此，需要根据所使用的查重系统，采取相应的措施。
- 在写论文时，应该合理引用文献，避免直接复制粘贴。如果需要引用他人的内容，应该使用正确的引用格式，并在查重时标注为引用文献，以降低论文的重复率。
- 在进行论文查重时，需要注意查重报告的解读和分析。查重报告会指出论文中哪些部分存在重复或相似的问题，学生需要根据报告进行针对性的修改。
- 在修改论文时，可以采用一些降重的技巧，如改变句式、替换词汇、删除不必要的句子等方法，降低论文的重复率。
- 最后，需要强调的是，论文查重只是检测论文重复率的一种手段，不能完全替代人工审查和学术判断。因此，在写作论文时，还需要注重提高论文的创新性和科学性，遵守学术规范和法律法规。
