1. 数据资源库不一样：每个论文查重系统都有自己特有的数据资源库，不可能完全相同。论文查重系统是通过对比论文与系统资源库的重合率，因此数据资源库不一样，将直接导致检测结果不一致。
2.检测算法不相同：除了资源库外，检测算法也是影响检测结果的一个重要因素。有的论文查重系统是只要检测到两个字词相似就会判做抄袭，不管这两个字词之间是否有联系，是否处于同一句话之中。
3.检测范围不一致：大部分论文查重系统是全文都会参与检测，包括标题、目录、摘要和参考文献列表等，其实这是不科学的，也会无形之中拉高重复率。
4.检测结果准确度不相同：每个系统的技术水平参差不齐，检测结果的精准度也有待考察，曾有人做了实验，同一篇文章在不同的论文查重系统进行检测，结果大相径庭。其中部分论文查重系统的系统检测结果存在虚高现象，检测报告中被指出的“相似句段”属于误判。
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