学校规定的论文文档格式基本都使用Word文档，所以在将论文上传到论文查重软件的时候，最好是Word文档进行上传，这样论文查重软件在检测时会自动识别论文内容的，也不会出错，也可以让查重结果更加准确。虽然论文查重网站支持很多种文档格式，如PDF、TXT等。识别这些文档内容时，系统不能达到100％的准确性。图片形式的文档，如PDF，会增加查重系统的识别难度。查重系统需要在检测前将图片转换成可识别的文本内容。这个过程可能会产生比较大的错误，甚至出现乱码字符，影响查重结果。因此，对查重的格式有一定的要求。
在进行研究论文查重时最好是提交Word文档，因为我们论文查重网站可以识别Word文档更容易一些，主要也是以Word为主，这样查重系统发展才能更加准确识别技术论文各部分工作内容，排除掉不计入重复率的部分，查重结果分析自然比其他数据格式的文档要准确了解一些。
在论文的内容里目录、脚注尾注、参考文献和图片等，在进行检测时一般都不会计入重复率，目录可以自动生成，脚注和参考文献都需要使用特定的符号，引用他人作品的参考文献也需要在论文末尾以标准格式显示，因为图片本身有特定的格式。
由此可见，论文查重是对格式的要求，论文查重软件将根据论文格式对重复率进行检测，这也是论文查重原则之一。
